F1バーレーンGPの最後のフリー走行はホンダのジェンソン・バトンが1分31秒857でトップタイム。2番手、3番手はミハエル・シューマッハー（フェラーリ）、フェルナンド・アロンソ（ルノー）がマークした。スーパーアグリの佐藤琢磨が21番手、井出有治が22番手でフリー走行3回目を終え、各陣営がこのあと行われる予選に挑むこととなった。

　土曜日午前11時（現地時間）から始まったバーレーンGPフリー走行3回目は、気温22度、路面温度30度、湿度48％、風力3.9メーターというコンディション。また前夜、強い雨が降り、朝9時頃まで砂嵐に見舞われたこともあって路面は砂に覆われるはめに。金曜日の走行でせっかくラバーが乗ったものの、再び荒れた状態からの走り出しとなった。
　各車走行を見合わせる中、セッションが始まると真っ先に井出有治がコースイン。それに続けてティアゴ・モンテイロ、クリスチャン・アルバースもコースへと向かうものの、インスタレーションラップのみでピットへと戻った。その間走行を重ねていた井出は、まず1分44秒022のタイムをマーク。その後スコット・スピード、ビタントニオ・リウッツィ、佐藤琢磨がコースインするも1周のみのインスタレーションラップを行うに終わった。結局、その後もタイム計測したのは井出のみで、計6周走り1分41秒899と約2秒タイムを更新していった。
　セッション中盤に入るとマッサを除いた21台がフルラップ走行を行い、まずは開始21分になってバトンが1分38秒737でトップタイムをマークするが、その2分後にコースへと向かったキミ・ライコネンがいきなりの35秒629でトップタイムを更新。すると負けじとバトンが、すぐさま35秒081で再びトップに立った。しかしそんな展開が繰り広げられる中、速さを見せたのはルノーの2台で、開始40分にフェルナンド・アロンソが1分34秒902、それにフィジケラが35秒823と続きトップ2を占めた。

　セッション終盤になると路面も好転。それに合わせてタイムも伸びる。まずはライコネンが1分33秒685でトップタイムを更新すると、すぐさまミハエル・シューマッハーが0.410秒上回る33秒275でトップに立つ。するとそれまでほとんど走っていなかったフェリペ・マッサが4周目にしていきなり1分32秒826でトップタイムを更新し、ここまでで唯一の32秒台を出した。
　セッション残り10分になるとトップが次々と入れ替わる展開に。まずアロンソが32秒を切るトップタイムをマークすると、今度はシューマッハーが31秒868でトップに。そのままセッションは終わるかに思われたが、終了直前にバトンが1分31秒857をマークしてトップに立った。
　1時間のセッションが終了しチェッカー。トップはバトン。2番手ミハエル・シューマッハー、3番手アロンソ、4番手フィジケラ、5番手マッサ、6番手ビルヌーブ、7番手ヤルノ・トゥルーリ、8番手ライコネン、9番手ラルフ・シューマッハー、10番手マーク・ウェーバーというトップ10だった。
　スーパーアグリの佐藤琢磨は21番手、セッション序盤に周回を重ねていた井出だったが、開始27分にピットレーン出口にストップ、そのまま走行を終え22番手に終わった。