日本GPフリー走行3回目はウエットコンディションとなり、ミハエル・シューマッハーが1分46秒543をマークしてトップタイムとなった。しかし、この直後にスピンし、マシンを破損している。佐藤琢磨は12番手タイム、ジェンソン・バトンは8番手タイムをマークしている。トヨタの2台はインスタレーションラップのみのためタイム計測はされていない。
予選前45分のフリー走行の1回目は気温22℃、路面温度22℃。8時頃までは止んでいた雨も走行前になり降り出し、路面はウエットのコンディションとなりトラックはヘビーウエット、エクストリーム・ウェザータイヤでなければ走行ができないという状態。このような中、ヤルノ・トゥルーリ、ロバート・ドーンボス、ラルフ・シューマッハー、ファン-パブロ・モントーヤらが開始と同時に走り出す。クリスチャン・アルバース、キミ・ライコネンも走行を行うがこれらの選手はインスタレーションラップのみで、まだコース上でコントロールラインを横切り、タイムを計測する選手はなし。
開始からおよそ10分、佐藤琢磨、ミハエル・シューマッハーもピットをあとにする。M.シューマッハーは2周のインスタレーションラップの後にタイム計測。1分46秒543をマークしたが、そのあとの周のS字で姿勢を崩してスピン状態のままコースアウト。タイヤバリアにマシンをあててしまい、フロントウイング、左フロントのサスペンションを破損し、イエローフラッグが提示される。ドライバーにはダメージがなく、すぐさまピットへと戻って行った。
続いてフルラップの走行を行いタイムを記録したのはデイビット・クルサード。そのタイムは1分53秒346でM.シューマッハーのものより7秒遅いタイム。続けてタイム計測を行ったのがアルバースで1分52秒700というタイムとなっている。そしてナレイン・カーティケヤン、ティアゴ・モンテイロ、アントニオ・ピッツォニアらもタイム計測開始。
マクラーレンのふたりも走行を行い、ライコネンは1分58秒829、ファン-パブロ・モントーヤが1分48秒097をいきなりマークすると、ライコネンは1分48秒729にまでタイムアップを果す。セッション終了前になって走り出した佐藤琢磨のタイムは1分53秒454、チームメイトのジェンソン・バトンは1分51秒884で45分の走行枠が終了した。結局ルノーの2台はコースインせず、待機のままとなっている。
このセッションの最速はマシンを壊してしまったM.シューマッハーの1分46秒543、続いてライコネン、モントーヤ、マーク・ウエーバー、ピッツォニアというトップ5のオーダーとなった。トヨタの2台、ラルフ・シューマッハーとヤルノ・トゥルーリはインスタレーションラップのみのため、タイムの記録されていない。
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