日本GP2回目のフリー走行が行われ、トヨタのリカルド・ゾンタが1分30秒682のトップタイムをマークして、日本GP金曜日のセッションは終了した。また佐藤琢磨は13番手、山本左近は初めてのF1走行を後方に7人を従える17番手という結果で終えている。
　気温24℃、路面温度25℃と午前中のセッションよりも低いコンディションで金曜日2回目の走行開始。1回目同様、山本左近が真っ先にコースへと出て行く。続いてサードドライバー勢およびトヨタのレギュラー、ラルフ・シューマッハー、ヤルノ・トゥルーリ、ジャック・ビルヌーブなどがインスタレーションラップを行う。
　続々と他の選手も走行を開始。開始5分ちょっとで走行を行っていないのはルノーの2台、マクラーレンの2台、デイビット・クルサードの合計5人。このセッションではフェラーリも最初から精力的に走行を行い、序盤はミハエル・シューマッハーがトップのリカルド・ゾンタ（1分30秒948）に次ぐ、33秒299で2番手。ルーベンス・バリチェロも33秒752で6番手という出だしとなっている。
　開始14分のところでビタントニオ・リウッツィのマシンから火が出て、ストップ。イエローとなったが、すぐにマシンは片付けられ、再びグリーンへと戻る。開始から15分が過ぎてのトップ3はゾンタ、ペドロ・デ・ラ・ロサ、キミ・ライコネンで、ゾンタのみが1分30秒682と30秒台、デ・ラ・ロサ以降は32秒台とゾンタが圧倒的な速さを見せている。
　25分が過ぎたところで、ルノーの2台がインスタレーションラップからタイム計測を開始。フェルナンド・アロンソは8番手、ジャンカルロ・フィジケラは15番手のタイムをマーク。これで全車がアタックを行い、トップのゾンタ30秒台から24番手ナレイン・カーティケヤンまで7.4秒差というギャップの中に24台のマシンが収まっている。

　セッションが半分のところでのトップは依然、ゾンタの1分30秒682。2番タイムはM.シューマッハーが1分31秒716、3番手にはデ・ラ・ロサが31秒821。佐藤琢磨は1分34秒330で13番手のところにつけている。山本左近は35秒154で20番手というタイムから34秒829までタイムアップ、ジャック・ビルヌーブの前の18番手まで順位を上げている。
　セッションが進むにつれ、雨がわずかだが降り出し多くの選手がピットへと戻り待機。最後まで走っていたM.シューマッハーもコーナリング中に姿勢を乱して、これ以上の走行を断念、ピットへと戻る。雨の中走り出したのはフェリペ・マッサとジャック・ビルヌーブだが、ほどなくピットへと帰還。すると今度はジェンソン・バトンが走り出す。
　セッションが残り5分となり、走行を行っているのはキミ・ライコネン、R.シューマッハー、バトン、佐藤琢磨、ビルヌーブ、デ・ラ・ロサ、そして山本左近も最後の走行を行い、最後の最後でフィジケラ、アロンソもコースイン。ウエットの感触を確かめてセッションが終了した。タイムはゾンタの1分30秒682でトップ、2番手M.シューマッハー、3番手デ・ラ・ロサ、以下、バリチェロ、ライコネン、R.シューマッハー、トゥルーリ、アロンソのトップ8。バトンは9番手、琢磨は13番手。山本左近は1分34秒829で走行を終えている。