F1第17戦日本GPは予選2回目を行い、ミハエル・シューマッハーが今季8回目のポールポジションを獲得。期待の佐藤琢磨も予選4位の好ポジションから午後の決勝に臨むこととなった。

　11時からの予選2回目は曇り。気温25度、路面温度24度、湿度は83%。最初のランナー、ゾイト・バウムガルトナーはアタックに出られず、2番手ジャンマリア・ブルーニはウエット・タイヤを装着して最初のアタックに出た。3番手ファン-パブロ・モントーヤはドライ・タイヤでトライ、S字コーナー入り口で滑るが1分37秒653をマークした。
　4番手ティモ・グロックはウエット・タイヤ、6番手フェルナンド・アロンソはドライ・タイヤと、ウエットからドライへ向かう微妙な路面コンディションによって、チームはタイヤ選択に頭を悩ませた。アロンソは、随所にフラつきを見せながらセクター1、2、3ともモントーヤより速く、1分36秒663で暫定トップに。7番手クリスチャン・クリエンもドライ・タイヤでアタックしアロンソの1.5秒落ちで3位のタイム。8番手ジャック・ビルヌーブもドライ・タイヤ。スプーン入り口、シケイン進入でブレーキをロックさせるも、ビルヌーブが1分36秒274でトップに立った。
　9番手ドライ・タイヤを履いたマッサはスプーンで飛び出しノータイムに終わった。予選中盤はブリヂストンのドライタイヤは少々厳しい状況だった。
10番手ライコネンはヘアピン立ち上がりでホイールスピン。ルノー勢に次ぐ3位。11番手ジェンソン・バトンは破綻のない走りでセクター1、2最速でまとめ上げ、ビルヌーブを1.117秒しのいでトップへ。
続く12番手クルサードはバトンには及ばなかったものの、セクター3最速でバトンの0.999秒落ちの2位に。昨年の日本GPウイナーのルーベンス・バリチェロはドライタイヤでアタック。シケイン進入でオーバーランし8位に終わり、続く14番手フィジケラはシケイン進入でフラつくも2位のタイムを叩き出した。
　15番手に期待の佐藤琢磨がアタックに入った。琢磨は、セクター1最速、ヘアピンの立ち上がりで滑り、シケイン進入でもマシンの挙動を乱すも驚異的なマシンコントロールで1分34秒897でトップに躍り出た!　この時点でBARホンダがワン・ツーを独占する格好となった。ラストランとなるオリビエ・パニスはトヨタの地元で気を吐き、その時点で6位のタイムをマークする。
　17番手マーク・ウエーバーはセクター3最速で0.326秒差で琢磨を逆転、しかし続くラルフがセクター1、2、3すべて最速で1分34秒032でウエーバーのタイムをブレイクしトップに浮上した。19番手シューマッハーはセクター1、3で最速。1分33秒542で王者がダントツのタイムでトップを奪った。
　ラストアタッカーのヤルノ・トゥルーリは6位に留まり、シューマッハーが今季8回目、通算63回目のポールポジション獲得。2位にはミハエルの弟、ラルフが入りフロントロウにシューマッハー兄弟が並んだ。3位ウエーバーに続いて、琢磨がアグレッシブな走りで4位につけた。5位には琢磨の同僚であるジェンソン・バトン、6位ヤルノ・トゥルーリ。