前代未聞のワンデー開催となった日本GPはウエットコンディションのもと、予選1回目を行い、刻々と回復する路面状況のなかトヨタのヤルノ・トゥルーリがトップタイムをマークした。

　F1史上初の予選・決勝同日開催となった10月10朝9時。天気は曇り。気温24度、路面温度24度、ほぼ無風、湿度91%のコンディションでプレ-クォリファイ開始。台風一過の青空とはいかず、午前3時頃に雨が降り路面はウエット。開始数分前に薄日が射して来たが、路面は濡れており、ウエット(実質的なインターミディエイト)タイヤでのトライとなる。
　ウエット・トラック宣言がなされ、中国GPのウイナーのルーベンス・バリチェロからタイムアタックは始まった。バリチェロのタイムは1分41秒001。金曜日のミハエル・シューマッハーのトップタイムの約4秒落ちだ。2番手ジェンソン・バトンはセクター3は速かったが、バリチェロの0.422秒落ち。3番手キミ・ライコネンはバリチェロの0.5秒落ちのタイム。続く4番手フェルナンド・アロンソもセクター3最速ながら1秒落ちとバリチェロのタイムを破ることはできなかった。5番手ファン-パブロ・モントーヤはスプーン進入で失敗、バリチェロの3.3秒落ち。
　6番手佐藤琢磨はセクター1、3最速でバリチェロのタイムを0.866秒短縮、トップに躍り出る!　BARホンダのピットは琢磨のアタックにドッと湧いた。この辺りから路面は徐々に乾きはじめ、7番手ジャンカルロ・フィジケラも琢磨に0.016秒差に迫る2位の好タイムをマークする。続いて8番手フェリペ・マッサ、9番手デイビッド・クルサードはともに琢磨のタイムを上回ることはできず。10番手マーク・ウエーバーの番になるとかなり路面の水の量が減り、コース全域が乾いて琢磨のタイムを0.965秒短縮し、トップに立った。
　S字で大きくマシンをスライドさせたジャック・ビルヌーブに続いてミハエル・シューマッハーがタイムアタックへ。シューマッハーはセクター1、3最速でウエーバーのタイムを0.773秒短縮してトップへ。13番手ニック・ハイドフェルドはシューマッハーの4秒落ちとタイムは伸びなかったものの、モントーヤの前には出た。14番手オリビエ・パニスは1.632秒遅れで佐藤琢磨を上回り3位に食い込んだ。ティモ・グロック、ゾイト・バウムガルトナー、ジャンマリア・ブルーニのアタックに続き、ラルフ・シューマッハーがセクター2最速で兄に0.467秒遅れの2位につけた。19番手クリスチャン・クリエンを挟んでラストアタッカー、トヨタ初搭乗のヤルノ・トゥルーリはS字でフラつくがセクター1、2最速。シューマッハーのタイムを0.681秒破る1分37秒716でトップに!路面が乾いたのが大きかったが、トゥルーリは昨年に続いてプレ-クォリファイでトップ。セクター3最速は佐藤琢磨。佐藤琢磨は15番目のアタック順になる。