10月6日午後3時、日本GP予選が行なわれメルセデスのルイス・ハミルトンがポールポジションを獲得した。

　土曜日は朝から小雨が降ったりやんだりのコンディションで、台風の影響で風も強く、メインストレートが向かい風、セクター1が追い風という難しい条件。気温は26度、路面温度は29度でほぼドライ路面でダンプパッチが残る中でのスリックタイヤでの予選となった。

　フリー走行3回目の終了直前にクラッシュしたルノーのニコ・ヒュルケンベルグは、なんとかマシン修復が間に合った。エステバン・オコン（フォース・インディア）は赤旗提示時にスローダウンが不充分だったため審議対象となっておりグリッド降格ペナルティの可能性がある。

　予選Q1の開始直後から各車がスーパーソフトタイヤでコースインするが、スーパーソフトの持ちタイヤが少ないストフェル・バンドーン（マクラーレン）はソフトタイヤで1回目のアタックへ。

　ここでまずトップタイムを記録したのは、フリー走行で好調だったハミルトンで1分28秒702。セバスチャン・ベッテル（フェラーリ）はアタック2周目でヘアピンでスピンする場面もあり0.347秒差の2番手。0.595秒差でバルテリ・ボッタス（メルセデス）、0.778秒差で4番手にマックス・フェルスタッペン（レッドブル）がつけた。

　開始から8分でマーカス・エリクソン（ザウバー）がダンロップの出口でワイドになってアウト側縁石に乗り、そのままグラベルにはみ出してタイヤバリアに激しくクラッシュ。残り9分57秒で赤旗が提示された。

　ルノー勢とセルジオ・ペレス（フォース・インディア）はラップタイムを記録する前でノータイム。新品のスーパーソフトに履き替えてアタックを始めたところだったバンドーンも好機を逃してしまった。

　3時14分にセッション再開となり、スプーン周辺で小雨が降り始めたこともありほとんどマシンはすぐにはコースインせず。タイムのないルノー勢とペレス、アタック途中で終わったスーパーソフトのままのバンドーン、そしてハース勢のみが2回目のアタックへ向かう。

　ここでペレスは10番手、ルノー勢は11番手と13番手のタイムを記録してピットに戻り、立て続けに2回目のアタックへ加わる。残り3分で上位9台以外の全車が新品スーパーソフトで最後のアタックへ向かう。

　ここでタイムアップを果たしたトロロッソ・ホンダ勢はピエール・ガスリー10番手、ブレンドン・ハートレー14番手でQ1を通過。ランス・ストロール（ウイリアムズ）も15番手で通過し、ヒュルケンベルグは16番手でQ1敗退。以下セルゲイ・シロトキン（ウイリアムズ）、フェルナンド・アロンソ（マクラーレン）、バンドーン、エリクソンの順でQ1敗退となった。

　3時31分に開始となった予選Q2では、メルセデスAMG勢とハースがソフトタイヤで最初のアタックへ。それでもメルセデスAMG勢はフェラーリ勢を上回ってボッタスが1分27秒987のトップタイム、ハミルトンも0.030秒差で続く。

　ベッテルは0.292秒差の3番手、ライコネンは0.608秒差の4番手で、レッドブル勢はパワーユニットに問題を抱えてフェルスタッペンが0.862秒差の5番手、リカルドはタイムを記録できずピットに戻り押し戻される。中団勢はオコン、ペレス、ロマン・グロージャン（ハース）、ガスリー、ハートレー、シャルル・ルクレール（ザウバー）、ケビン・マグヌッセン（ハース）という順。

　残り3分を切ったところで各車はスーパーソフトを履いてコースインするが、ここで雨脚が強まり走行ができなくなり、Q2はそのまま終了。

　コースインしたもののタイムを記録できなかったリカルドは15番手、14番手ストロール、13番手はカルロス・サインツJr.（ルノー）、12番手はソフトタイヤのマグヌッセン、11番手は最後に濡れたデグナーでスピンを喫したルクレール。トロロッソ・ホンダ勢はガスリー9番手、ハートレー10番手で2台揃ってQ3進出を果たした。

　3時54分、Q3は小雨がパラつくコンディションの中で始まった。各車がスーパーソフトでコースインする中、フェラーリはインターミディエイトでコースインするがベッテルは、「乾きすぎている、そのままピットに戻る」とチームの判断ミスでタイムを記録できず。

　ハミルトンが1分27秒760の最速タイムを記録し、ボッタスは0.299秒差の2番手、1.297秒差で3番手フェルスタッペン。さらに雨が近付いている中でフェラーリ勢はともにスプーンでコースオフしタイムがまとめられず、ライコネンは4番手、ベッテルは9番手でピットに戻る。

　メルセデスAMGは雨が強まる前に早々に2回目のアタックに入るが、セクター1から1.4秒遅いタイムしか記録できない。フェラーリ勢も2回目に入るが全くドライブできず。最後はかなり雨脚が強まり、ベッテルはスロー走行でもデグナーでコースオフを喫するほどだった。

　結局そのままタイム更新するドライバーがいないままハミルトンが自身80回目のポールポジションを獲得。2番手ボッタス、3番手フェルスタッペン、4番手ライコネン。5番手にグロージャン、6番手ハートレー、7番手ガスリーとトロロッソ・ホンダ勢は2台揃って好位置グリッドを獲得。フォース・インディア勢は8番手オコン、10番手ペレスで、ベッテルはまさかの9番手に終わってしまった。